Laboratorium FUF sesuai dengan kekuatan dan peralatan yang ada memiliki dua program; yakni program umum dan unggulan. Program umum adalah pelayanan kepada mahasiswa dan dosen di dalam melakukan penelitian seperti penelusuran sumber-sumber Pustaka dan kitab-kitab turath melalaui digital library (hadis, tafsir, filsafat, tasawuf, kitab-kitab agama lainnya ). Sedangkan yang berupa unggulan adalah; 1) Laboratorium Psicho-Terapi dengan layanan; relaksasi, holistic terapi, healing, ruqyah, konseling pernikahan dan keluarga, dan konsultasi mahasiswa dan umum; 2) . Laboratorium jurnal, di mana FUF memiliki 4 (empat) jurnal ilmiah berkala nasional sinta 2 yang sampai saat ini menjadi mercu suar dan kebanggaan FUF.