Layanan yang menyediakan koleksi hasil karya institusi (institutional repository), seperti skripsi, tesis, dan disertasi. Koleksi yang terdapat di koleksi khusus hanya dapat dibaca di tempat dan dapat digandakan (fotocopy) dengan persyaratan khusus. Pemustaka dapat memanfaatkan koleksi khusus dengan penelusuran informasi awal melalui katalog digital  http://digilib.uinsby.ac.id/.  sementara untuk informasi nomor panggil dan bibliografi secara keseluruhan dapat diakses melalui katalog online pada alamat http://catalog.uinsby.ac.id