Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Ampel Surabya, pada awalnya merupakan salah satu fakultas cabang yang terletak si Bojonegoro didirikan pada tanggal 14 Mei 1970. Berdirinya Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan ini didasarkan atas permintaan masyarakat Jawa Timur yang mempunyai minat besa untuk belajar ke-tarbiyah-an dan tidak keseimbangan antara tenaga guru agama islam dengan pertumbuhan sekolah yang terus meningkat dengan cepat pada waktu itu.

Berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 33 Tahun 1985 Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan Bojonegoro dipindah pengelolaannya ke Surabaya. Selanjutnya muncul Kepres No. 9 tahun 1987 dan Surat Menteri Agama No. 17 tahun 1988, Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan Surabaya menjadi salah satu fakultas dari 13 fakultas yang berdiri sendiri baik secara administratif maupun akademik dibawah naungan UIN Sunan Ampel. Ke-13 fakultas tersebut adalah Syariah Surabaya, Tarbiyah Malang, Tarbiyah Jember, Ushuluddin Surabaya, Ushuluddin Kediri, Tarbiyah Mataram, Tarbiyah Pamekasan, Adab Surabaya, Tarbiyah Tulungagung, Tarbiyah Samarinda, Syariah Ponorogo, Tarbiyah Surabaya, dan Dakwah Surabaya.

Dalam rangka efesiensi dan efektifitas Institusi serta kualitas pendidikan di UIN Sunan Ampel, pada tahun 1997 dilakukan perampingan dari 13 fakultas menjadi 5 fakultas. Fakultas-fakultas yang berada di luar Surabaya diubah menjadi STAIN; sedangkan 5 fakultas yang masih tetap dibawah UIN Sunan Ampel adalah Adab, Syari'ah, Dakwah, Tarbiyah dan Ushuluddin.

Pada awal berdirinya Fakultas Tarbiyah dan Keguruan hanya memiliki satu jurusan, yakni; Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI). Pada tahun 1983 berdiri satu jurusan baru, yaitu Jurusan Pendidikan Bahasa Arab (PBA) dan pada tahun 1994 berdiri pula Jurusan Kependidikan Islam (KI). Mulai tahun akademik 2005/2006 Fakultas Tarbiyah dan Keguruan membuka Program Studi  Tadris Bahasa Inggris dan tadris Matematika. Sedangkan sejat tahun 2007, bersama-sama dengan LAPIS PGMI (dibawah sponsor Pemerintah Australia) didirikan program studi PGMI. Dengan demikian, saat ini Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Ampel Surabaya memiliki 6 Jurusan (PAI, PBA, KI, PMT, PBI, dan PGMI).

Disamping itu, sejak tahun 2006 Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Ampel Surabaya juga menyelenggarakan Program Akta IV. Hingga saat ini program ini telah meluluskan banyak sarjana.

Dalam upaya meningkatkan kualitas, dilakukan akreditasi melalui Badan Akreditasi Nasional (BAN) Terhadap Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Ampel Surabaya. Berdasarkan Akreditasi tersebut yang tertuang dalam Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No. 017/BAN-PT/AK-IV/VII/2000 dan NO. 018/BAI-PT/AK-IV/VII/2000 tetanggal 21 Juli 2000 menetapkan bahwa Jurusan PAI, PBA, dan KI telah terakreditasi dengan masing-masing mendapat nilai A, B, dan B.